在隔震建筑结构的设计中，应通过对结构的整体特性、结构布置、结构刚度的分布等情况进行合理设置，控制结构在地震发生时的反应性能，达到减小地震反应的目的，一般需要遵循以下原则：

1. 隔震建筑的设防目标一般应高于传统建筑。合理设计的隔震建筑均可达到“小震不坏，中震不坏或轻微破坏，大震不丧失使用功能”的设防目标。
2. 隔震建筑结构的定型基本规则。应控制隔震支座的布置及结构的刚度，使其分布均匀。尽量使结构刚度中心与上部结构的质量中心的偏移小一些，这样做可以保证结构不致因太大的扭转作用而发生意外破坏。
3. 基础隔震技术对低层多层建筑最为适合，隔震建筑的房屋高度和层数应符合有关设计技术规范中的相应规定。
4. 由于建筑隔震技术的特点，隔震建筑一般更适合于I、II、III类建筑场地，并且在结构设计中选用刚性较好的基础类型，以保证隔震层的稳定性和在地震中运动的一致性。
5. 一般来说，隔震建筑隔震层的抗拉能力比较薄弱，根据剪切结构的特点，为了保证隔震结构的稳定性，确保隔震结构的抗倾覆能力及地震时有效防止上部结构与隔震层之间的脱离，应对隔震结构的高宽比加以控制。隔震结构的高宽比应满足下表的要求。当高宽比不满足要求时，应进行罕遇地震下的抗倾覆验算。同时还应对非地震作用的水平荷载（如风荷载）加以限制，一般说来，应控制非地震作用的水平荷载不超过结构总重力的10%。这样做也可以有效保证隔震建筑的舒适性。
6. 合理设置隔震结构的基本周期，避开场地周期和上部结构的周期，有效地发挥隔震技术的效用。
7. 基础隔震层一般应设置在结构第一层以下的部位，隔震层在罕遇地震下应保持稳定，且不出现不可恢复的变形。控制隔震结构的节点构造，保证隔震层在地震时有效发挥作用。
8. 穿过隔震层的设备配管和电器、通信系统的配线，应采用挠曲柔性连接等适应隔震层罕遇地震水平位移的措施；采用钢筋或钢架接地的避雷设备，应设置跨越隔震层的接地配线。
9. 隔震建筑应具备当隔震支座在地震中意外丧失稳定性而不发生严惩破坏的措施，一般也应考虑隔震支座的便于检查和替换的措施。
10. 建筑隔震橡胶支座和隔震层的其它部件尚应根据隔震层所在的位置的耐火等级采取相应的防火措施。
11. 对于体型复杂或有特殊要求的结构采用隔震技术，应进行模型实验。